2204年，当时人类藉由古代外星文明普洛仙所遗留的先进科技自由往来于银河系之间，并挤身银河系各高等文明种族所组成的银河议会成员。但银河系陷入了无止尽的灭绝轮回中，传说说一个叫收割者(reaper)的古老神秘机械种族，每隔5万年就会入侵银河系，毫不留情的彻底摧毁银河系中所有高等有机文明。每次灭绝之后，他们会摧毁所有自身存在的证据，只留下零散的科技遗迹。虽然很少人相信此一古老的传说，不过玩家所扮演的银河议会特遣部队指挥官约翰·薜帕德(John·Shepard)却清楚了解此一传说为真。他将率领麾下的精锐小队成员，不惜一切阻止机械种族的归来，以保护全银河有机文明的续存为首要目标，由此展开跨越全银河系的冒险。但当薜帕德率领着精英小队进入带着敌意的异星人世界执行任务时，将发现真正的威胁已经远大于任何人所能想像。