本作原本计划是讲述雷电在《合金装备2》和《合金装备4》之间的一段时间内发生的事情，但是白金工作室参与进来之后，为了有更广阔的开发空间，将本作的故事时间移动到《合金装备4》结束的几年之后：强化骨骼（Cyborgs）在世界上飞速发展，产生大量超人类，影响了整个世界