在《孤岛惊魂3》中，玩家将会扮演Jason Brody。在这个没有法律、暴力才是真王道的原始天堂中，玩家将决定整个故事的发展。玩家所作出的选择，包括与谁战斗、与谁结盟都会影响到剧情。在游戏中，玩家扮演的Jason Brody将在这个人性已经泯灭了的孤岛上杀出一条血路。